L’isola gode di un clima tipicamente mediterraneo, particolarmente mite e temperato durante tutto l’anno. La minima differenza di altitudine e le sue modeste dimensioni fanno sì che le caratteristiche climatiche varino relativamente poco tra un punto e l’altro dell’isola.

Piccole differenze di altitudine e di temperatura si possono trovare tra le parti più basse del territorio ed i promontori di La Mola e Cap de Barbaria.

La temperatura media annuale è di 18,6 gradi, mantenendo in estate una media di 25 gradi con punte di 30-32 gradi nei mesi di luglio ed agosto.

Le precipitazioni sono scarse, il che rende scarse anche le sorgenti, tanto da doversi ricorrere alla desalificazione dell’acqua marina per l’uso domestico (il che la rende non potabile). Tra le isole Baleari, Formentera risulta essere quindi quella più calda e meno piovosa.